アビドース作戦から1年後、コロラド州シャイアン山[1]NORAD地下28階にあるスターゲイトが突如作動。鎧を着たエイリアンの一群が基地に侵攻してきた。基地管理をしていたジョージ・ハモンド少将は、エイリアン達が下士官を拉致しゲイトの中へ逃走した際、リーダーらしき人物（アポフィス）の目が光るのを目撃する。事態を重く見た空軍は退役したジャック・オニール大佐を呼び戻し、アビドースへの偵察を命じる。
現役復帰したオニール大佐率いるアビドース作戦オリジナルメンバーの他に、新たに天体物理学者のサマンサ・カーター大尉を加えた偵察チームは、アビドースへと向かう。
到着すると、そこにはダニエル・ジャクソン博士の姿があった。ダニエルは、基地に現れたのはアビドースからの訪問者ではなく、銀河中に無数のゲイトが散らばっていると説明する。ゴアウルド作成によるゲイトマップを手に入れた一行は、その中から敵（アポフィス）が来た惑星を探すこととなる。
シーズン1では、ラストのゴアウルド地球侵攻までに多数の種族との交流や、これからのシーズンの基本となる惑星探検のエピソードが中心となるが、地球のエピソードもあり、近年のSFドラマでは見られなかったオリジナル性に富んだシーズンとなる。中でも、あるエピソードは後の「スターゲイト アトランティス」に繋がるエピソードにもなっている。
シーズン2
一時的にカーターが寄生されるという事態から接触することになったトクラ。彼らと何度かやり取りをするうちに友好関係が深まる｡たまたま発見された記憶保管庫を起動してしまったオニールによって、四大種族の一つであるアスガードとの本格的な接触が行われる。また、トクラの協力を得てのアポフィスとの再戦。ジャファ反乱軍は徐々に大きくなり、ゴアウルドから透明化技術をもった刺客を送り込まれたり､新たな難敵リートゥとの接触｡ハトルが再び登場し、またもやSG-1を罠にかける｡
シーズン3
前作でハトルの罠にはまってしまったSG-1は、トクラの協力によりハトルを殺しなんとか脱出。しかし、SG-1がハトルを殺したことにより、ゴアウルドの支配階級は地球を脅威と見なし、アスガードの仲介で地球とゴアウルドの間に不可侵協定が結ばれる。また、新たな強敵レプリケーターが現れ地球が危機に…。
シーズン4
レプリケーターの侵略から免れた地球だが、アッシェン人によって人類滅亡の危機に立たされる。SG-1は、過去にメッセージを送ってアッシェン人と出会わないようにさせようとするが…。
シーズン5
太陽を吹き飛ばしアポフィスの艦隊を壊滅させることに成功したSG-1だが、衝撃でSG-1が乗るハタクが外宇宙に飛ばされてしまった。その宙域にはにアポフィスが乗船する旗艦と謎の宇宙船も現れ2隻の宇宙船が交戦を開始する。
元々最終シーズンと想定されたためか重い話が多い。SG-1最大の敵アヌビスが登場するのもこのシーズン5からである。
ルリマ カントリー おいずり ファラオ オーチャ バイバル ロカアォ パーカー トリミン ティラピ オール リージョ ダリア ドゥー ラーゲ ジフ スピコン プロテーゼ ツィリング アフロ 月下美人 シュート ソムリ レイド エアポ ピンポ レーキ パナビ いまかね ドレッ あかんち モルツ カイア スキッ チャートポ ベガス 紅葉 華ごころ リスト サーボ サイト紙燭 テレメ パステ コース オーナブリ ダット サーチアウト すなのみ ブールマ リーダー
シーズン6
ダニエルは、自らを犠牲とした行為の果てに、オーマの導きに従い、高みへと昇り、新しい道を進み始めた。そこで、ダニエルの抜けた穴を埋めるため、SG-1に新たなメンバー候補を試験的に配属するが、オニールに(もしくは自分から)ことごとくお払い箱にされていく。一方、地球に亡命したケロナ人「ジョナス・クイン」はダニエルの後釜を務めたいとアピールするが、オニールの反発により叶えられずにいた。そんな中、ティルクの妻ドレイヤック危篤の知らせが舞い込む。すぐに現地へ赴くティルクだが、息子であるライアックに母親を見殺しにしたと虐げられる。同じ頃、地球のスターゲイトはアヌビスの攻撃により、地球が吹き飛ぶほどとてつもない暴発の危機に晒されていた…。
ダニエルのレギュラー離脱、新レギュラー「ジョナス」を迎えてのSeasonとなる。地球初の宇宙戦艦プロメテウスの登場、NIDの暗躍、ゴアウルドクローンによる田舎町の支配など、地球が舞台のストーリーが目立つ。一方、レプリケータの驚愕的進化や高みに昇ったダニエルのゲスト出演など地球外でのエピソードも充実している。
シーズン7
アヌビスが「ラーの眼」を手に入れ約束を違えアビドォスを破壊してしまったものの、SG-1はダニエルの導きにより石版を入手し地球に帰還することができた。ダニエルの残したノートを手がかりに、ジョナスは石版に刻まれたエンシェントの『失われた都市』の場所を推察する。すぐさまその惑星の探索を開始したSG-1だったが、そこで肉体を取り戻し記憶を失ったダニエルと遭遇する……。
ダニエルのレギュラー復帰、アヌビスの本格的銀河系支配の台頭、エンシェントの「失われた都市」探しなど、見所の多いSeasonとなっている。さらにSeason7はスピン・オフ作品である『スターゲイト アトランティス』に繋がる重要なエピソードで幕を閉じる。
シーズン8
地球に直接攻撃を仕掛けてきたアヌビス艦隊とプロメテウス率いるF-302編隊による大空戦。SG-1が発見した南極のエンシェントの砦の力を借りた超絶的な攻撃により大勝利を収めることができた。しかし、その砦を巡りゴアウルド達と地球内部での複雑なやりとりを余儀なくされてしまうアメリカ政府。ゴアウルドとの交渉を辛くも乗り越えたウィアー博士は、砦の管理をどうするのかという難題にあたり、各国との交渉という立場を任され、SGCを去ることになる。そこで、SGCの指導者として選ばれたのは、SG-1のリーダーであり、地球を幾度も危機的状況から救った英雄「ジャック・オニール」准将その人であった…。
なんとオニールがSGCの司令官となるSeason。同時にSG-1のリーダーはカーターへとシフトするが、オニールのSG-1との関係は今までとさほど変わりないものとなっている。見所としては、レプリケータの銀河系侵攻や残りゴアウルド勢力との全面対決、『スターゲイト アトランティス』と絡んだエピソードなどが挙げられる。
172話「ほつれた糸」は1,2話以外で通常放映時間より長く製作されたエピソードだが、AXNで放送された時は時間の関係上一部カットされてしまった。しかしDVDBOXには完全版が収録されている。
シーズン9
新たにSGCに着任した、キャメロン・ミッチェル中佐はゲイトを見つめ、二年前の南極での戦いを思い出す。無数のアヌビス艦隊を迎撃するためF-302の大隊を率いることになった彼は、アルケシュを攻撃した際エンジンを撃たれ南極の極寒の大地に墜落。一時は再起不能とされたが、SG-1からの励ましやオニールから「治ったら好きなポストを約束する」と言われ懸命なリハビリの末復帰。晴れてSG-1の一員になれると思ったものの旧SG-1のメンバーは去り、新司令官のハンク・ランドリー将軍に新たにSG-1のメンバーを選ぶよう命令される。ひょんなことからダニエルとヴァーラは別銀河でエンシェントの敵オーライと遭遇してしまい、オーライが天の川銀河に攻めてくる事となってしまう。
シーズン10
オーライがスーパーゲイトを使い艦隊を天の川銀河に送り込んできた。侵攻を水際で阻止するため、ジャファ連合や地球等で構成された連合艦隊はオーライの艦隊に攻撃を仕掛けるが壊滅打撃を受け敗北する。
戦いが終わった直後、ヴァーラが女の子を出産する。その子はオーライの知識や能力を備え、侵攻軍のリーダーとなるべくオーライによって造られた人間だった。
一方SG-1はこの状況を打開するため、何処かにあるマーリンの武器を探すことが最重要課題になっていた。
武器の手掛かりの入手とオーライの侵攻を防ぐため、SG-1はかつてエンシェントの都だったアトランティスへと赴く。
Stargate: The Ark of Truth
スーパーゲイトにマーリンの兵器を突入させて、オーライの全滅を願うSGチームだが、プライアの攻勢はむしろ激しさを増す。オーライ軍の脅威に変わりはなく、ダニエルが幻に見た謎のアーク（聖柩）を求め、オデッセイはスーパーゲイトを通り、オーライの銀河へ赴く。しかし、途中のオデッセイ艦内でIOAの刺客が牙を剥く。目的は内部分裂ではなくオーライ銀河の全ての人種の絶滅。果たしてIOAの策略とは？謎のアークとは？オーライは本当に絶滅したのか？果たしてオーライとの戦いに勝利を得ることができるのか？
タイムラインはシーズン10より後でアトランティスのシーズン4より前の話となる。シーズン11がキャンセルされた為に作られるDVD用の映画。製作予算は$700万である。2008年3月に北米で発売された.